A Budapest-Pécs vonalon az áradás és belvíz miatt csökkenteni kellett a vonatok sebességét. A Keszõhidegkút-Gyönk és Szakály-Hõgyész, illetve a Sásd és Godisa közötti szakaszon 10-15 perc késésre kell számítani.

A víz miatt június 7-éig vonatpótló buszok szállítják az utasokat Dombóvár és Máza-Szászvár között a Dombóvár-Bátaszék vonalon, a buszok azonban nem érintik Mágocs-Alsómocsolád megállót, mert a település megközelíthetetlenné vált.

A Budapest-Miskolc-Sátoraljaújhely vonalon Hort-Csány és Vámosgyörk állomások között vízátfolyás miatt szintén csökkenteni kellett a vonatok sebességét. A szerelvények 5-10 perc késéssel tudnak közlekedni.

Nyékládháza és Miskolc között is vízátfolyás miatt lassult a közlekedés, le kellett zárni az egyik vágányt, a másik vágányon pedig csak váltakozó irányban mehetnek a vonatok. Az utasoknak ezen a szakaszon 10 perc késéssel kell számolniuk.

A Vámosgyörk-Újszász-Szolnok vasútvonalon Jászárokszállás és Jászapáti között a víz alámosta a vasúti pályát, ezért ezen a szakaszon az utasokat szintén vonatpótló buszok szállítják Jászapáti és Vámosgyörk között.

A Miskolc-Sátoraljaújhely vonalon Olaszliszka-Tolcsva és Sátoraljaújhely között a rendkívüli idõjárás okozta pályahiba miatt elõreláthatólag június 10-ig szállítják vonatpótló autóbuszok az utasokat.

Az Aszód-Balassagyarmat-Ipolytarnóc vasútvonalon Magyarnándor és Nógrádkövesd között az esõ elmosta a vasúti pályát. Az utasokat Nógrádkövesd és Balassagyarmat között elõreláthatóan június 5-én, éjfélig szintén buszok viszik.